OS X Yosemite múltiples escritorios con diferentes archivos.

¿Hay alguna forma de tener un segundo escritorio donde pueda colocar carpetas y archivos individuales en él, de modo que el primer escritorio quede limpio sin ningún archivo?

Sí tu puedes. Mac se refiere a los escritorios extra como espacios. Creo que puedes crear hasta 8 espacios adicionales y puedes controlarlos desde el Control de la Misión. La tecla de control más un dígito activará ese espacio en particular.

Si va a Control de Misión (probablemente en su documento), se abrirá una ventana que muestra todos los espacios en la parte superior. También hay un signo más. Al hacer clic en el signo más se crea un nuevo espacio. Encuentro espacios muy convenientes. Tengo un espacio configurado para una aplicación y otro espacio para una aplicación diferente.